“永久機関”──それは、人類の叡智の成果か、神への反逆か? 〈メフィスト病院〉の患者・財宝八州美(たからやすみ)が脱走。鉄壁の監視網を破ったのは、彼が創った“永久機関”の力だった。潜伏した財宝は、早速複製を作るが盗難に遭ってしまう。直後、死亡した老人・湯間嘉次郎(ゆまかじろう)が、孫めぐみの友人が持ち込んだ円筒形機器の力で甦る。この小型メカこそ、消えた“機関”だった。メフィストは不死者が氾濫する事態の収拾に動くが、“機関”が放つ熱量(エネルギー)は〈新宿〉を不安と恐怖に陥れてゆく……。やがて狂乱のメカ争奪戦に米国最強の特務機関が参戦した時、〈亀裂〉に大鳴動が?