マインクラフト世界に住む女の子のボビーは、ゾンビにされてしまった弟のジョニーを元に戻す旅の中で、事件の元凶のローガンを見つける。ゾンビ襲撃を使ってオーバーワールドを荒らし回るこの乱暴な冒険者を止めるため、ボビーは弟を仲間のベンあずけて一人でローガンを追うが、敵の力はあまりに大きく、なかなか手出しできずにいた。 いっぽうベンはゾンビのジョニーとともに安全な場所に隠れるため、かつてローガンが使っていた要塞を手に入れるが、そこにはローガンの秘密の日記が隠されていた…！ 離ればなれのボビーとベン、そしてジョニーは再会して目的を果たせるのか。 「マインクラフト ゾンビ使いあらわる！」から続く大冒険をえがく、マインクラフト公式小説第21弾！