万物を視破る「神の眼」を得た天地灰は、愛する妹・凪を救う治療法を探るため、再び過酷なキューブ攻略の日々に挑む。探索の道中に立ち寄った集落「夜鳴村」で凪とよく似た少女・渚に出会った灰は、彼女から「消えたキューブ」の噂を耳にする。神の眼を駆使してキューブを発見するも、突如としてキューブは限界を迎え、崩壊。溢れ出た凶悪な魔物の群れが村を飲み込み無防備な渚へと牙を剥き襲い掛かる――!?さらに、この騒動の裏には世界を脅かすテロ組織「滅神教」の影が潜んでいて……。少女を救うため、少年は災禍に飛び込む。

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