高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う“保菌者”によって埋め尽くされてしまった…。蠢く大量の“保菌者”から逃げ切れるのか!? 絶望的サバイバル、開幕! 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む!! いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ!
脱出作戦当日──更なる進化を遂げた保菌者に対し、晴輝・ながみ・山田が覚醒。圧倒的な強さを見せ保菌者を倒した。晴輝はらぎ姉と合流し、きらら救出のため道の駅駐車場に急行する。その道の駅駐車場ではエリックの“奥の手”が高木により発動。最強の保菌者“メット”が誕生してしまう。神城を欠いた人類は、難敵メットに対抗できるのか…!?