高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う“保菌者”によって埋め尽くされてしまった…。蠢く大量の“保菌者”から逃げ切れるのか!? 絶望的サバイバル、開幕! 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む!! いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ!
秋保脱出作戦当日──「秋保は犯人の実験場。天宮螢からの電話は犯人に乗っ取られている」。高木譲は晴輝に衝撃の事実と犯人打破の僅かな可能性を語り、自ら命を絶った。同じ頃、道の駅駐車場では新たな感染者が続出。また小早川の裏切りにより、毒ガスが自衛隊を襲う…。犯人側の仕掛けに対し、晴輝はリーダーとして皆を守れるのか!?