高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う“保菌者”によって埋め尽くされてしまった…。蠢く大量の“保菌者”から逃げ切れるのか!? 絶望的サバイバル、開幕! 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む!! いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ!
秋保を脱出し日常を取り戻す! そのために動き出した晴輝達。だが計画の前日…天宮螢は国会爆破の容疑をかけられ、銃弾を浴びてしまう。迎えた脱出当日、晴輝は不穏分子処刑のため高木譲のもとへ向かう。しかし、その真の目的は友人である高木の命を救うことだった。それに対し高木は警告する…秋保は犯人が作り出した“実験場”であると。