高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う“保菌者”によって埋め尽くされてしまった…。蠢く大量の“保菌者”から逃げ切れるのか!? 絶望的サバイバル、開幕! 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む!! いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ!
目覚めた天宮晴輝は「情報エネルギー」が見え、使えるようになっていた。そして香里のメッセージで、犯人を倒す方法を知る。敵の科学力を超えるには、4つある「情報エネルギーの扉」を開けばいい! 晴輝は扉の鍵を持つ人間を探し、再び動き出す。一方…紗月は晴輝救出のため、自衛隊と隔離地域に突入。熾烈な戦闘が開始されていた!