2000年にアニメ化もされた杉崎ゆきるの『女神候補生』が、待望の電子書籍化!人類最後の希望の星“ZION(シオン)”をめぐり、戦い続ける“女神”たち。そんななか、女神のパイロット養成機関“G・O・A(GODDESS OPERATOR ACADEMY)”でも、過酷なトレーニングが始まった。女神候補生ゼロ・エンナは、整備士候補生キズナ・トゥリークとペアを組み、実戦を想定した訓練を行う。ある日、ゼロをはじめとした新入候補生に、トップ候補生5人との合同訓練の機会が訪れる。ゼロが組む相手は、全候補生中トップの実力を持つアーツ・ウィルニー・コクトーだった…。