あらすじ「帝国の大学」は高級官僚の養成所として、明治国家体制の中核に位置づけられていた。上巻で触れた東大七博士の対露強硬論は山川健次郎東大総長の免官で幕引きとなるが、やがて国定教科書の改訂をめぐって提起された南北朝正閏論争に連鎖していく。また、それと並行するかのように起こった赤旗事件や大逆事件の顛末を通して、明治体制の実態を浮き彫りにする。