ワルプルギスの夜。もうすぐ西暦二〇〇〇年がやって来る。一九九九年のあの夜から、待ち望んでいた世界の終わりが始まった。
魔法使いの最高位“ウィザード”の称号を持ちながら、今ひとつ冴えない少年・恵。上級魔女の美少女エリカと、その従兄弟の英介のおかげで、なんとか無事に高校に入学することができた。しかし、そこには彼の存在を良く思わない校長や、反感を持った生徒がいて…。その頃世界では、不思議な力を手に入れた人々が各地で騒動を起こしていた。古の女神の生まれ変わりであるアナの存在は、各地に残る予言の成就の証なのか?恵たちの前に、運命は新たな幕を開けようとしていた。
本作品は「福音の少年 放課後のアポストロス」を加筆修正した新装版です。