将棋のプロ棋士を目指し、棋士養成機関である奨励会で戦いを続けている天才少年・中島遼平(15歳)。しかし、今期の奨励会三段リーグは4戦した時点で1勝3敗と苦しい星となった。落ち込んでベッドに倒れ込んでいると、幕末の江戸へタイムスリップしてしまう。
煮売茶屋で働きながら、賭け将棋に命を張る浪人や、将棋家元の元内弟子で三間飛車を得意とする盲目の棋士と対戦。
そしてついに、幕末の天才棋士と謳われた天野留次郎(後の天野宗歩)と対戦する日が訪れる―。
令和の天才少年と江戸の伝説の棋士、時空を超えた対局で彼らが得たものとは?