2040年、上空に突如出現した穴から人類の敵が降臨した。またたく間に地球上を恐怖と嘆きで満たした略奪者。人類は彼らを「ブリガンテ」と名付けた。圧倒的な脅威の前に絶望する人類の最後の希望。対ブリガンテ専用の討伐部隊、フラッグアーマーを身にまとう戦士たち。彼らを人々は「旗本」と呼ぶ。「ウノ」が放った巨大なブリガンテに対し、絶望的な戦いを挑み続ける旗本たち。刀侍はある決意を胸に、単身「ウノ」のもとに向かう。人類の存亡を賭けたブリガンテとの戦い、その結末は……？

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