中国軍が南沙に建設していた滑走路が、一晩で消滅した。当初は台風被害だと思われたが、偶然海から発見された映像から、何者かに襲撃された事実が浮かびあがる。怒る中国はフィリピン軍、その背後に米軍の関与を疑うが、映像には驚くべきものもが映し出されていた。それは、日本人なら誰もが知る有名な戦艦――絶対に《存在しない》日本の戦艦の姿だ。その情報を得た日本政府は、自国に火の粉がふりかかる前に調査を命じる。乗り込んだのは司馬光二佐と《サイレント・コア》の姜小隊。南沙を訪れた彼らは、謎の敵を追うことになったのだが――?