霧に包まれ、魔物が跋扈する世界――イリスクラウド。各国の精鋭によって結成された連合軍『特鉄隊』は世界中に張り巡らされた謎の線路を伝い、霧を晴らし、平和を取り戻すための調査を続けていた。そんなある日、未知の路線シヴェリア鉄道が発見され、魔導列車ミストトレインによる捜索が行われることに。しかし、没落貴族フェルクリンゲンを筆頭とした先遣隊が遭難してしまうのだった! そしてアイゼングラート出身のヤクーツク達が救出に向かうのだが……!?
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