久しぶりに帰ってきた故郷。思い出すのは、とある事件をきっかけに離ればなれになってしまった子供時代の仲間たち。タケオ、モミジ、ウミ、カイ、そして猫のニャン太。ふと気づくと、僕はなぜか小学三年生のあの時代にやってきていて――。そして再び大事な仲間たちに出会った僕は、あの事件、神社の近くにあった“秘密基地”が焼失してしまった悲しい想い出を阻止するべく動き出す。でも、僕の記憶していたなつやすみの出来事とは少しずつズレたことが起こり始め、ついに事件が起こった日を迎えることになったんだ――。これは、僕が仲間たちと失われた絆を取り戻す物語。