シティ・ロンドンから、《世界樹》発芽に関するデータを盗み出した錬とフィア。　だがフィアは、目の前で倒れたファンメイを見捨てる事が出来ず、一緒に連れ帰ってしまう。　最初は警戒していたファンメイだったが、フィアや錬、そしてエドと触れあううち、彼らの「青空を取り戻すために《世界樹》を発芽させる」という計画に共感し、協力を申し出る。　だがエドは、三人には明かせない《世界樹》の秘密を知っていた。　一方、ファンメイの行方を必死に捜すヘイズは、恐ろしい事実を知ってしまう……。

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