まさかの元旦に謙吾が狙撃された。寮の屋上で、林先輩とスパーリング中の出来事だった。人間業とは思えない超遠距離狙撃―。普通なら確実に死んでいるところだが、不死の力をもつユキナが駆けつけキスをし、謙吾は一命をとりとめる。意識を失いつつある彼を介抱しているとき「大好きだよ」という言葉を聞いたユキナは、ますます謙吾を意識することに。捜査が進むにつれ謎は深まる。誰が、一体何のため行ったのか!? 進展が見られぬまま、謙吾たちは学園の要請でギリシャのグリークス本社へ飛ぶ。そこで彼らを待ち受けていたのは、本社が誇るGENEZユニット“ガンズ・オブ・ナヴァロン”と、新たな戦いだった。