異星生命体の大使(アンバサダー)をおさめた記憶装置を持つジェイコブとモラグは、ロールストン少佐の執拗な追跡をかいくぐり、必死の逃亡を続ける。その途中で出会ったハッカーの元特殊部隊員ペイガンは、アンバサダーの特性を利用して、人類を凌駕する知性を持つ情報生命体をつくりだそうとしていた。ジェイコブたちは彼の協力を得て、かつての戦友であるジャーナリストのマッジがいるという水没都市に向かう。たび重なる襲撃を生き延び、たどり着いた街で彼らを待ち受けていたのはしかし、街を支配する伝説的な元特殊部隊員バロールの危険な歓迎だった!