珊瑚海で圧勝した南雲忠一中将率いる第一機動部隊に対して、アメリカはB29に搭載した原子爆弾で対抗してきた。幸い日本艦船は被害をまぬがれたが、豪州艦隊は壊滅し、鉄壁だったはずの連合軍に亀裂が生じはじめる。一方、はるばるシルクロードを越えてやってきたロンメル戦車軍団は、ソ連軍と呼応して怒涛のように満州になだれこみ、甘粕正彦が理事長を務める満映撮影所も灰燼と帰し、東洋のマタハリこと川島芳子は、映画『成吉思汗』のフィルムを持って新京を脱出する。他方、破竹の勢いで北海道に侵攻してきたアメリカ軍に対し、遂に『やまと』は攻撃を開始した。太平洋戦争にタイムスリップし、東条英機に憑依した平成の総理・小泉健太郎の運命は!?父を追って『やまと』に乗りこんだ小泉夏彦は無事、父を連れて帰ることができるのか!?交錯する人の熱い想いが渦巻く中、時空戦艦『やまと』は戦いつづける。鬼才、草薙圭一郎が活写する太平洋戦争シミュレーション絵巻、いよいよ凄絶な戦闘に突入。