「日本沈没を救う」という大命を果たした「大和」は1945年から2015年の世界へタイムスリップし、横須賀のドックで大々的な修理・艤装が行なわれ元の世界へ帰る準備を整えていた。「大和」とともにタイムスリップした科学者・朝永振一郎は神田のさびれた古書店で「我が闘争2」と金打ちで表題された本を手にいれた。その本では世界はナチス第三帝国の版図に組み入れられており、日本は沖縄だけを残して細々と生き残っているという。その記述が事実であることを裏付ける事件が起きた。足尾銅山の廃鉱を基地とするネオナチの集団が暴動を起こし、警察・自衛隊と戦闘を開始したのである。さらに銅山の廃鉱にタイムゲートが出現、ドイツ戦闘機メッサーシュミットが続々と飛来し、日本陸軍の戦闘機と空戦を展開するのだった。さらに中禅寺湖には未来からのタイムゲートが出現、原子爆弾が投下され日本は大混乱に陥った。「大和」は時空の歪みをただし世界を元に戻すべく、再び1945年の世界へと旅立って行くのだった。