2004年、日本列島は地殻変動により沖縄、南西諸島を残しその姿を没した。
2013年、科学の粋を結集した時航機『やしま』は、過去に遡り日本の歴史を変えるべく3人の男を乗せて太平洋戦争直前の1941年に飛び立った。
3人は山本五十六の信頼を得、太平洋戦争の歴史を次々と塗りかえ、遂に日米は休戦に至った。
大西洋より帰還の途中『大和』はUボートの攻撃を受けた際、時航機2号『天龍』の作動と相まって2015年へ、タイムスリップしてしまった。
2015年の世界で『大和』はイージスシステムを持った戦艦空母へと変身し、再び1944年、ドイツの英国侵攻のさなかに舞い戻った。
『大和』の活躍によりドイツ軍を撃退、連合軍は『大和』支援によりノルマンディーへの上陸に成功したが、連合軍の前に突如ヒトラーの意志の世界から生まれ出た超戦闘艦『ジークフェルド』とその艦載ジェット戦闘機の攻撃により連合軍は次々と撃破されていった。
大ヒット長編架空戦記第一部、いよいよ大団円へ。