2004年、日本列島は地殻変動により沖縄、南西諸島を残しその姿を没した。
2013年、科学の粋を結集した時航機『やしま』は、過去に遡り日本の歴史を変えるべく3人の男を乗せて太平洋戦争直前の1941年に飛び立った。
3人は山本五十六の信頼を得、太平洋戦争の歴史を次々と塗りかえていった。連合艦隊は『大和』『武蔵』を中心とした高速超機動部隊を編成、ミッドウェー、ハワイを強襲占領、パナマ運河の破壊、『富岳』による米国本土爆撃と容赦なく攻め立て、1943年遂に日米は休戦に至った。
大西洋より帰還の途中『大和』はUボートの攻撃を受けた際、時航機2号『天龍』の作動と相まって2015年へタイムスリップしてしまった。
2015の世界で『大和』はイージスシステムを持った戦艦空母へと変身し、2014年のドイツ第三帝国と雌雄を決すべく、再び時空を超えて新たな戦いの旅立ちを迎えるのだった。