2004年、日本列島は地殻変動により沖縄、南西諸島を残しその姿を没した。
2013年、科学の粋を結集した時航機『やしま』は、過去に遡り日本の歴史を変えるべく3人の男が太平洋戦争直前の1941年に飛び立った。
3人は山本五十六の信頼を得、新兵器の開発、樺太油田の開発、蒋介石との講和と着々と手を打ち、太平洋戦争の歴史を次々と塗替えていった。
連合艦隊は『大和』『武蔵』を中心とした高速超機動部隊を編成、ミッドウェー、ハワイを強襲占領、パナマ運河の破壊、『富岳』による米国本土爆撃と容赦なく攻め立て、1943年遂に日米は休戦に至った。
大西洋より帰還の途中『大和』はUボートの攻撃を受け、時航機『天龍』の作動と相まって2015年へタイムスリップしてしまった。
その世界で『大和』を待ち受けていたのはドイツ軍のジェット戦闘機の熾烈な攻撃だった。