長崎へ遊びに来ていた雄太たちは、長崎電気軌道や島原鉄道を制覇した後、特急『白いかもめ』に乗り込み、途中で特急『ゆふいんの森』に乗り換えて由布院に！ 観光列車の旅を楽しんでいたんだけど、知り合ったおじさんが突然車内で行方不明に!? 四両編成の車内は、走る密室だというのにどこにも見当たらない。それには、とんでもない事態が待ち受けていた……！ Ｔ３初の大事件発生!?
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