女だらけの聖エスタド学園に転入してきた涼邑遼人。彼は「主人公」として、ヤンデレの桜小路詩音や実の妹の紗々羅など、「乙女の破片」に苦しむ女の子たちを救っていた。そんな中、本来「乙女の破片」を持っていなかった紗々羅に、学園長の萩野翠が植えつけていたことが判明する。彼女の目的を追求しようとする遼人たちだったが、翠の一言によって、遼人に好意を抱く女の子たちが、一斉に遼人に誘惑を仕掛けてくる。ヤンキー娘の小林樹里、腹黒少女の七海絵里奈、実妹の紗々羅にクールっ娘の周防藍花が誘惑してくるが、アルコールが入って大胆になった委員長の宮下智子が遼人とついに騎乗位で処女を捧げてくるのだった。ところが、その後、遼人は女の子たちに迫られると、急に胸が苦しくなり、倒れてしまう。翌日、目覚めた遼人は、美緒に看病してもらっていた。智子の大胆な行動に影響された彼女は、いつものツンデレらしい態度とは違った素直な態度で、遼人とのエッチを求めてくる。美緒の素直な想いに応えようとエッチをした遼人だったが、そこにヤンデレとなり、暴走した詩音が乱入してくる。暴走状態の詩音は美緒を「闘争」で打ち倒し、廃墟と化した自身の実家へと遼人を拉致する。嫉妬に狂った詩音は暴走を加速させ、遼人を逆レイプし、遼人を助けにきた美緒たちをも返り討ちにする。さらに、詩音は生み出した魔物に取り込まれてしまう。翠の登場でその場を逃げ出すことができた遼人たちは、彼女の口から「乙女の破片」の正体、そして、翠の本当の目的を知らされる。全てを知った遼人は、すべての悲劇を終わらせるため、暴走した彼女を救うため、「主人公」の真の力が目覚めさせる――。