剣客・大柿半兵衛は、かつて加賀・前田家の剣道指南役を務めた知心流師範で、いまは江戸の下町で道場主を務める大柿幸之助を父に持つ。老中・安藤信正が画策した公武合体政策、和宮の降嫁に際しては幕府の密使をつとめあげた。その働きが買われて安藤の信頼を得た半兵衛は、ふたたび密命を帯びることとなった。宮本武蔵の二刀流を受け継ぐ「二天一流阿蘇流」開祖で、秘剣「二天双龍剣」を遣う伝説の剣豪、肥後国の阿蘇重左衛門宛ての密書を託されたのだ。薩長や肥後に討幕反乱の兆しが見られる中、幕府は阿蘇一族の力でその動きを牽制したいと考えているのだ。重左衛門は宮本武蔵の再来とまでいわれ、これまでにさまざまな剣の達人が挑んだものの、勝って戻った者はいないという。加えて、すでに幕府が派遣した数人の密使は皆、道中で殺されるか行方不明となっているらしい。伝説の剣客に会うためなら、危険も厭わないだろうと、半兵衛に白羽の矢がたてられたのだ。双龍剣は「邪剣」として封印されたという噂も届く中、半兵衛は浪人・蟹江又左衛門とともに、咸臨丸に乗船、海路長崎を経由して肥後国熊本へ向かうのだった……。剣豪・阿蘇重左衛門とは何者か。そして半兵衛の運命は !? 「走れ、半兵衛」シリーズ、待望の第二弾!