人類はキノコに支配されていた。脳に寄生することで自由を奪い、思考を奪い、菌類は徹底した管理社会を築き上げた。しかし、ここにイレギュラーが存在する。最強の兵士・ダンテは、ひとりの少女との出会いをきっかけに、この世界の理を覆す決意をした。『進撃の巨人』諫山創が惚れ込んだ、新たなる"絶望"と"抵抗"の物語。
“主義が違う。主張が違う。それでも共に生きられるか。”
新しい戦力「クマのアザの少女」リサを得て、ダンテ達はついに蠅の王作戦を開始する。しかしアミガサも黙ってはいない。激化していく闘争に緊張走る中、エーテルに不気味な警告が届く。それは、エーテルでもアミガサでもない、第三勢力によるものだった。彼らは、味方か? 敵か? 新章・赤い牙編、開幕!!