三種の神器の力で過去の世界に飛ばされたハッピーは、科学の発達した世界で塔に閉じ込められた人間の少女・メアリスに出会う。メアリスは「進化の魔法」で動物を人と同じように立って歩いたり、話したりできる「友達（メアリスフレンズ）」にしていた。しかし、そのメアリスフレンズたちはスター将軍によって、非道な実験や「生きた兵器」として利用されていた！　メアリスと動物たちを救うため、ハッピーはメアリスを守る三獣士や若きトータス、キツネのフォクシーと脱出作成を決行するが…!?

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