FGO第一部本編、初の公式コミカライズ。「2017年、人類は絶滅する。」人理継続保障機関カルデアによって観測されていた未来領域の消失が、終末を証明。2004年にその原因が存在すると仮定したカルデアは擬似霊子転移により原因の特定と排除を試みる。2人の少年少女、藤丸立香とマシュ・キリエライトの、人類史との孤独な戦いはこのようにして幕を上げた。原点にして最新。忠実にして斬新。神話は、ここに再演される。
大海戦、勃発。16世紀“大航海時代”の大海原に、風を巻いて爆炎が吹き上がる。ほしいままに奪い、猛るままに殴る。歌い、踊り、戦い、死ぬ。あまりに荒々しい海賊のやり方は、藤丸の心に新たな火を灯した。フランシス・ドレイクの率いる海賊とともに、“黒髭”エドワード・ティーチの海賊船と死闘を演じた藤丸たち。その前に、新たなる絶望が立ちはだかる。第三特異点、急転の刻──!!